Genel

Argenit: Genetik ve patolojik hastalıkları teşhis eden yerli girişim

Ülkemizde pozitif bilim dallarında eğitim alan ve başarılarına şahit olduğumuz çokça akademisyen ve uzmanımız var. Bu değerli insanlarımız faaliyet alanlarını ileri teknolojilerle buluşturarak ülkemize ekonomik katkı ve sosyal fayda sağlıyor. Genetik, bu alanların en zorlarından biri. Zira veri elde etme konusunda büyük bir hassasiyet istiyor ve yapay zeka gibi en ileri teknolojilerin bu alanda uygulanması üretim, perakende, bankacılık gibi alanlara nazaran daha uzun bir yolculuk gerektiriyor. Ancak çıktısına baktığınızda, bu alanda yerli bir girişimimizin olması, en kritik verilerimizin ülke içinde kalmasını sağlıyor.

İTÜ Teknopark’ta 2009’dan bu yana faaliyet gösteren Argenit, genetik alanında zoru başarmaya gönüllü olan bir girişim. Genetik ve dijital patoloji alanlarında görüntüleme bazlı yapay zeka sistemleriyle durum analizi yapan Argenit, bu alanda Ar-Ge yapmak için 1999 yılından bu yana uğraşıyor. Kanser, down sendromu gibi hastalıklarda ürün geliştirmiş olmaları da sabrın ve güçlü bir motivasyonun eseri. Bu işin zorluğunu şöyle düşünelim: Argenit’in dünyada 3 tane rakibi var.

Dr. Abdulkerim Çapar, Cengiz Kaan Sakkaf ve Burak Buyrukbilen tarafından kurulan ve 20 kişilik ekibe sahip olan Argenit, farklı disiplinlerde uzman, profesör ve doçentlerden oluşan 24 kişilik bir danışmanlar kurulu ile çalışıyor. Argenit, 20 yılı aşkın sürede ikisi uluslararası olmak üzere 12 proje üretmiş.

GENETİK VERİLERİMİZ YURTİÇİNDE KALIYOR

Argenit kurucu ortaklardan Burak Buyrukbilen

Hikayenin devamını kurucu ortaklardan Burak Buyrukbilen’den dinleyelim: “Argenit, genetik ve dijital patoloji alanında görüntüleme ve analiz sistemleri geliştiriyor. Bu disiplinlerde uzmanlaşmış ve Ar-Ge yapan ülkemizde başka firma yok. Dünyada ise Argenit’ten başka üç rakip firma var. Özellikle İsrail ve ABD’nin genetik tanı konusunda tekel konumunda olduklarını söyleyebilirim. Sadece bu sebep bile genetik tanı alanında Ar-Ge yapmanın ve yerli sistemler geliştirmenin önemini gözler önüne seriyor. 

Önemli noktalardan bir tanesi de milli genetik verilerimizin yurt içinde kalması. Günümüz teknolojilerinde bu tip genetik tanı sistemleri bulut paylaşımı üzerinden devamlı üretici merkezleri ile iletişim halinde ve bu durum geleceğimiz için büyük bir risk barındırıyor. 

Ekibimizde çok farklı disiplinlerde uzmanlarımız bulunuyor. Bilişim teknolojilerinden bulut teknolojilerine, yapay zeka ekibimizden makina öğrenmesi ve masaüstü uygulama birimimize kadar farklı teknolojileri harmanlayan bir ekibimiz var. Bunların yanında eş zamanlı olarak onlarca profesör ve doçent hocalarımızdan oluşan bir danışmanlar kurulumuz mevcut. Kurulumuzda; tıbbi genetikten akciğer patolojisine, sitolojiden moleküler genetiğe, meme patolojisinden sitogenetiğe kadar birçok uzman hekim yer alıyor.”

HIZLI VE VERİYE DAYALI TANI

Argenit’in genetik ve patolojik tanının tespit edilmesine nasıl yardımcı olduğuna gelecek olursak…

Buyrukbilen tanıyı kolaylaştıran bu süreci şöyle anlatıyor: “Geliştirdiğimiz yapay zeka destekli analiz sistemleri, hekimlerin tanı vermesini hızlandıran ve kolaylaştıran bir altyapı üzerine tasarlanıyor. Normalde bir hekim hastadan alınmış biyopsi parçası ya da genetik tanı için alınmış bir kan örneği üzerinden elde edilen görüntüleri tecrübesi ve birikimleri doğrultusunda değerlendirir. Bizim geliştirdiğimiz algoritmalar sayesinde ise görüntüler hekime ulaşmadan önce gerçekleşen iyileştirme, düzenleme ve hatta bir ön tanı ile ölçeklenebilir hale getirilerek tekrarlanabilir nicel bir analiz ile teşhiste hekime yardımcı oluyor. Bu destek hekime hem hızlı tanıya gitme imkanı veriyor hem de verdiği tanının sayısal bir veri ile desteklenmesini sağlıyor. Böylelikle verilen tanının tekrarlanabilirliği artmış oluyor.

Özellikle son geliştirilen yapay zeka algoritmaları ile kanser vakalarında hasta örnekleri hekimlerin daha önüne düşmeden malignite yani kötü huylu tümörle ilgili yapay bir ön tanı verilebiliyor. “

İTÜ Teknokent bünyesinde kurulan akademisyen ve yazılım mühendislerinden oluşan proje gruplarının geliştirdiği derin öğrenme algoritmaları meme kanserinden, akciğer kanserine, down sendromu başta olmak üzere doğum öncesi anomaliliklerin tespitinden lösemiye kadar onlarca genetik hastalığın tanısı sistemlerimiz üzerinden veriliyor.

Türkiye’deki genetik tanıların yüzde 65’i Argenit’in geliştirdiği yerli yapay zeka sistemleri üzerinden sağlanıyor. Ülkemizde 100’ün üzerinde hastane ve genetik tanı merkezinde 300’ün üzerinde kurulu dijital görüntüleme sistemi olan Argenit, kanser tespitinde dünyanın ilk dört firması arasında.

“SİGORTA ŞİRKETLERİ İLERİDE GENETiK TEST İSTEYEBİLİR”

Genetiğimiz bazı hastalıklara yatkınlığımızı ortaya koyabiliyor ve gelecekte yaşayabileceğimiz hastalıkları önceden bildirebiliyor. Genetik araştırmaların derinleşmesi ve testlerin yaygınlaşması Argenit kurucularından Burak Buyrukbilen’e göre şöyle bir geleceğe işaret ediyor: “Genetik testler yaygınlaştıkça anladık ki her insanın hastalığı kendine özgü oluyor. Her hastalığın tanısı, tedavisi, ilacı ve dozajı gün geçtikçe hastaya özel olmaya başladı. Bu da ileride bireysel tedavinin daha yaygın hale geleceğini gösteriyor. 

Birçok hastalık henüz semptom vermeden genetik testler ile teşhis ediliyor. Şu an anne karnındaki bebeğin doğmadan önce genetik tanı ile ileride meme kanseri, akciğer kanseri ya da kolon kanseri olma riski yüzdesel olarak hesaplanabiliyor. İleride sağlık sigortası yaptırmak istendiğinde sigorta firması genetik test talep edebilir ve yatkın olunan hastalıkları poliçe dışı bırakabilir. Etik değerlerimizi tekrar gözden geçireceğimiz bir geleceğe yürüyoruz.”

“SAĞLIK BAKANLIĞI’NIN VERİ HAVUZUNU AÇMASI VİZYONERCE”

Ülkemizde sağlık verilerinin bilimsel araştırmalara açık olması büyük bir avantaj. Bu verilerin temin edilmesinden ürünleştirilmesine kadar olan süreci Burak Buyrukbilen şu sözlerle açıklıyor:

“Her yapay zeka algoritmasının arkasında ciddi bir veri havuzu yatıyor. Bu veri havuzundaki her verinin doğruluğunun kesinleşmiş olması gerekiyor. Konu sağlık verisi olduğunda, veriye ulaşmak ulaşılan verinin doğruluğunu teyit etmek ciddi bir süreç. Bizler her bir algoritmamız için o konuda uzmanlaşmış bir hastane ile irtibata geçiyoruz. Örnek vermek gerekirse; akciğer kanseri ile ilgili bir algoritma geliştirilecekse mutlaka bir göğüs hastalıkları hastanesinin arşivine ulaşmaya çalışıyoruz. Hasta arşivlerinin uygunluğunu kontrol ediyoruz. Uzman hekimlerimize proje detaylarını sunarak kabul etmeleri halinde o hastanenin etik kuruluna başvurularımızı yapıyoruz. Tabii bu uzun ve meşakkatli bir süreç. Gerekli izinlerin alınması aylar alabiliyor. Tüm hekimlerimiz ve devlet hastanelerinin idari sorumluları, yapılacak işi detaylıca izah ettiğimizde, kurallara ve etik ilkelere uygun olduğunu belgelediğimizde sonsuz destekleri ve yardımları oluyor. Bu konuda tüm hekimlerimize minnettarız. Şimdiye kadar onlarca defa kapılarını çaldık ve gönülden destek verdiler, vermeye de devam ediyorlar. Çünkü artık biliyorlar ki ulusal olarak biz de genetik tanıda ve dijital patolojide varız. Yurtdışındaki hastaneler arşiv kapılarını Ar-Ge firmalarına çoğu zaman açmıyor. Ülkemizdeki hekimlerin ve Sağlık Bakanlığımızın yurt dışına göre sağlık araştırmalarında çok daha vizyoner ve ileri görüşlü olduğunu söyleyebilirim. “

“TEKELE KARŞI MÜCADELE ETTİK, 4 YILDIR DNA KİTİMİZİ ÜRETİYORUZ”

Argenit kurucularından Burak Buyruknilen, uluslararası DNA kit tekelini kırdıklarını ve bu mücadelenin olumlu yansımalarını şöyle anlatıyor:

“Amerika ve İsrail’in tekelinde olan genetik ve kanser tanı sistemlerinin standardizasyonu ve belgelendirme metotlarının yine kendileri tarafından sağlık sistemimize dayatılması, önemli bir sorun. Bu uygulama yerli teknolojilerin hekimlerimiz tarafından tercih edilmesini maalesef zorlaştırıyor. İki örnek ile açıklamam gerekirse; genetik analiz sistemlerimizi geliştirdiğimizde, hastanelerimizin bu sistemler için gereken yatırım maliyetlerini yarı yarıya indirdik. İlk zamanlar yerli teknolojiyi dikkate almayan yabancı üreticiler, başarı hikayelerimizi gördükçe farklı yöntemler geliştirdi. Genetik tanı sistemleri her hasta için özel bir DNA kit ile çalışıyor. Bu kitlerin üreticileri, sistemleri geliştiren teknoloji firmalarından farklı markalar oluyor çünkü sistemler çok ayrı disiplinlerdeki teknolojileri barındırıyor. Tüm ithal genetik tanı geliştiriciler, bir kit üreticisi ile anlaşarak sistemlerini hastanelere ücretsiz kurarak, aslında ucuz olan bu DNA kitlerini fahiş fiyatlar ile satma karşılığında kurumlar ile anlaşma yoluna gitti. Yatırım maliyeti olmadığı için bu durum kurumlara cazip gibi görünse de bir yılın sonunda çok daha büyük maddi külfetler ile karşılaştılar. Tamamen yerli ürünleri piyasadan silmek için oluşturulan bu düzen, kurumları çok büyük zararlara uğrattı. 

Biz de Argenit olarak bir TÜBİTAK projesi ile DNA kitlerini üretecek ekibimizi oluşturduk. Üniversitelerin ve hastanelerin ilgili bölümlerinden danışmanlıklar aldık, hücre kültürü laboratuvarlarımızı kurduk ve milli gen klon kütüphanesinin oluşturulmasına yönelik adımlar attık. 2018 yılından bu yana yerli DNA kitlerimizi üretebilmenin gururunu yaşıyoruz.

Yine dijital patolojide tarayıcı sistemlerini geliştirdiğimiz başka bir projemizde, daha prototip aşamasında iken ABD Sağlık Bakanlığı’na bağlı FDA’in normlarına uygun bir sistem geliştirilmesi konusuna yöneldik.  FDA’e dijital patoloji tarayıcılarının 510k statement normlarını öğrenmek üzere başvuruda bulunduk. 2016 yılında FDA, patolog gözünün altın standart olduğu ve dijital tarayıcılar için herhangi bir FDA belgelendirmesi yapılmadığı şeklinde dönüş aldık. İki yıl sonra bir kongrede hekimlerimizden biri, dünyanın en büyük üç medikal cihaz üreticilerinden birinin FDA belgesi bulunan kataloğunu gösterdi. FDA’e tekrar yazdık ve bize gelen normların, tamamen diğer üreticinin cihazını tarif ettiğini gördük. Sonuç olarak; ne kadar güçlü iseniz kuralları o kadar bükebiliyorsunuz. Bu durum Amerika’da da aynı, Ortadoğu’da da. “


Tags
Show More

suleguner

Yapay zeka ve robotik konularında uzman, İstanbul merkezli gazeteciyim. Sadece bu iki alanda yazan tek Türk gazeteci-yazarım. Aralarında Türkiye’nin en çok satan ekonomi dergisi ve bir İngilizce gazetenin de bulunduğu Türk medyasına ait yayınlara yazıyorum. Türkiye'nin kamuoyuna açık ilk yapay zeka ve robotik anketini 2018'de gerçekleştirerek, insanların bu iki kavrama nasıl baktığını inceledim. Detaylarını site de bulabileceğiniz "beyaz yakalı ve lisans-yüksek lisans üstü öğrencilerden" oluşan iki grupla yaptığımız anket sonuçlarında öne çıkan iki veriyi aktarmam gerekirse, yapay zeka öğrencileri çalışanlardan daha çok korkuyor. Beyaz yakalılar ise robotlardan gençlere göre daha az korkuyor. Türkiye genelinde yapılan ankete göre yapay zekanın hayatımıza giderek daha çok dahil olması veya robotların iş ve özel hayatımızda yer almaya başlaması genel anlamda bizi endişelendirmiyor. Ankete katılımcıların "İnsan zekası mı, yapay zeka mı?" sorusuna cevabıysa, "insan zekası" şeklinde olmuş. Kamuoyu araştırmalarıma her yıl devam ederek Türk halkının teknolojiyle olan ilişkisinin nabzını ölçmeyi amaçlıyorum. Teknolojiden korkulmaması gerektiğini, insanın yararına ve doğru bir şekilde kullanıldığında hayata önemli katkılarda bulunduğuna inanıyorum. Ayrıca teknolojiyle birlikte değişen hayatı iyi anlamamız gerektiğini, hayatımızdaki değişiklikleri iyi analiz etmemiz gerektiğini düşünüyorum. Bir gazeteci-yazar olarak teknolojinin insan hayatı için çizdiği vizyonu anlatmaya, konuşmalarımda insanları yakında nasıl bir dünyanın beklediğine ilişkin bir resim çizmeye çalışıyorum. Gazetecilik kariyerimde yönümü teknolojiye çevirmeden önce bazı Türk basın yayın kuruluşlarının yanısıra, ANSA İtalyan Haber Ajansı'nın Türkiye muhabirliği görevlerinde bulundum. Kariyerim boyunca pek çok ülkeyi gezerek sosyal ve teknoloji içerikli yazılar yazdım. Bu ülkeler içinde aklıma en çok yer eden Ekvador, Küba, Sudan ve Güney Kore oldu. İngilizcenin dışında İtalyancayı profesyonel iş yaşamımda kullanabiliyorum. Fitness ile ilgileniyorum ve bir sağlıklı yaşam bloğum var. Aynı zamanda amatör bir DJ’im.

Benzer İçerikler

Close
Close